ASSN are în structură un număr de trei secţii ştiinţifice. Acestea reprezintă verigile de bază ale organizării ASSN, în îndeplinirea obiectului de activitate al acesteia.

Secţiile ştiinţifice de specialitate sunt următoarele:

• Secţia de ştiinţe militare;
• Secţia de ordine publică;
• Secţia de informaţii şi securitate naţională.